原位雜交是指將特定標記的已知順序核酸為探針與細胞或組織切片中核酸進行雜交，從而對特定核酸順序進行定量定位的過程。原位雜交可以在細胞標本或組織標本上進行。
　　
　　一、原位雜交原理：
　　
　　在細胞或組織結構保持不變的條件下，用標記的已知的RNA核苷酸片段，按核酸雜交中堿基配對原則，與待測細胞或組織中相應的基因片段相結合（雜交），所形成的雜交體(Hybrids）經顯色反應后在光學顯微鏡或電子顯微鏡下觀察其細胞內相應的mRNA、rRNA和tRNA分子。RNA原位雜交技術經不斷改進，其應用的領域已遠超出DNA原位雜交技術。尤其在基因分析和診斷方面能作定性、定位和定量分析，已成為有效的分子病理學技術，同時在分析低豐度和罕見的mRNA表達方面已展示了分子生物學的一重要方向。FISH是原位雜交技術大家族中的一員，因其所用探針被熒光物質標記（間接或直接）而得名，該方法在80年代末被發明，現已從實驗室逐步進入臨床診斷領域。基本原理是熒光標記的核酸探針在變性后與已變性的靶核酸在退火溫度下復性。
　　
　　通過熒光顯微鏡觀察熒光信號可在不改變被分析對象（即維持其原位）的前提下對靶核酸進行分析。DNA熒光標記探針是其中z常用的一類核酸探針。利用此探針可對組織、細胞或染色體中的DNA進行染色體及基因水平的分析。熒光標記控針不對環境構成污染，靈敏度能得到保障，可進行多色觀察分析，因而可同時使用多個探針，縮短因單個探針分開使用導致的周期過程和技術障礙。
　　
　　二、原位雜交應用：
　　
　　①細胞特異性mRNA轉錄的定位，可用于基因圖譜，基因表達和基因組進化的研究；
　　
　　②感染組織中病毒DNA/RNA的檢測和定位，如EB病毒mRNA、人類乳頭狀瘤病毒和巨細胞病毒DNA的檢測；
　　
　　③癌基因、抑癌基因及各種功能基因在轉錄水平的表達及其變化的檢測；
　　
　　④基因在染色體上的定位；
　　
　　⑤檢測染色體的變化，如染色體數量異常和染色體易位等；
　　
　　⑥分裂間期細胞遺傳學的研究，如遺傳病的產前診斷和某些遺傳病基因攜帶者的確定，某些腫瘤的診斷和生物學劑量測定等。