免疫沉淀是利用抗原抗體特異性反應(yīng)，從特定混合物（通常是細(xì)胞裂解液或表達(dá)上清）中純化富集目的蛋白的一種方法。傳統(tǒng)的IP實驗是抗體與目的蛋白結(jié)合后，再與蛋白ProteinA/G（結(jié)合抗體Fc片段）偶聯(lián)的瓊脂糖或磁珠孵育，通過離心得到珠子-蛋白A/G-抗體-目的蛋白復(fù)合物，復(fù)合物經(jīng)過洗滌、洗脫后用于后續(xù)下游實驗。IP是許多蛋白質(zhì)相關(guān)研究的重要步驟，用于研究蛋白質(zhì)的存在、相對豐度、蛋白表達(dá)的上下調(diào)、蛋白至穩(wěn)定性及相互作用等。
免疫沉淀的原理為：針對特定靶蛋白的抗體與樣品（細(xì)胞裂解物等）中的靶蛋白形成免疫復(fù)合物，隨后利用ProteinA-磁珠或ProteinG-磁珠將該免疫復(fù)合物從混合物中沉淀下來。后將靶蛋白從磁珠上洗脫（如果抗體沒有共價連接到磁珠上或使用變性緩沖液進(jìn)行洗脫，抗體也會被洗脫下來），并通過SDS-PAGE，WesternBlot等手段對洗脫下來的蛋白進(jìn)行分析。
免疫沉淀固相物質(zhì)的選擇：
對于小型特定蛋白和蛋白復(fù)合物的分離，磁珠可實現(xiàn)結(jié)合能力、得率、可重復(fù)性、純度和成本節(jié)約之間的平衡。當(dāng)進(jìn)行手動和自動化標(biāo)準(zhǔn)IP、Co-IP、ChIP、ChIP-Seq、RIP和pull-down反應(yīng)并立即用于后續(xù)檢測分析時，磁珠是理想選擇。利用強力磁力架可將磁珠定位到孵育管的側(cè)壁，使其不阻礙細(xì)胞裂解物抽吸。磁性分離不需要離心，所以不會導(dǎo)致抗體-抗原結(jié)合破壞和目標(biāo)蛋白損失現(xiàn)象。當(dāng)需要純化大量目標(biāo)蛋白用于下游分析，且特異性抗體較易獲得，瓊脂糖樹脂純化較為適用。
