免疫沉淀是利用抗原抗體特異性反應純化富集目的蛋白的一種方法。抗體與細胞裂解液或表達上清中相應的蛋白結合后，再與ProteinA/G偶聯的agarose或Sepharose珠子孵育，通過離心得到珠子-蛋白A/G-抗體-目的蛋白復合物，沉淀經過洗滌后，重懸于電泳上樣緩沖液，煮沸5-10min，在高溫及還原劑的作用下，抗原與抗體解離，離心收集上清，上清中包括抗體、目的蛋白和少量的雜蛋白。
原理：當細胞在非變性條件下被裂解時，完整細胞內存在的許多蛋白質-蛋白質間的相互作用被保留了下來。當用預先固化在ArgaroseBeads上的蛋白質A的抗體免疫沉淀A蛋白，那么與A蛋白在體內結合的蛋白質B也能一起沉淀下來。再通過蛋白變性分離，對B蛋白進行檢測，進而證明兩者間的相互作用。
這種方法得到的目的蛋白是在細胞內與興趣蛋白天然結合的，符合體內實際情況，得到的結果可信度高。這種方法常用于測定兩種目標蛋白質是否在體內結合；也可用于確定一種特定蛋白質的新的作用搭檔。
免疫沉淀技術，是一項專門研究蛋白質相互作用的*技術，不過其現在也廣泛的應用于基因領域的研究，比如轉錄調節蛋白的作用、靶向蛋白受體的篩選、基因蛋白產物表達的研究、RNA參與遺傳物Chemicalbook質復制的方式以及DNA修飾的機制等等。該技術擁有靈敏度高、準確度高、特異性強的優點，所以在專一性結合物質的檢測和篩選中得到的很好的應用，也成為相應實驗中減少實驗程序并縮短實驗時間的理想方法之一。
