茜素紅S染色 茜素紅S屬一種蒽醌類衍生物，是茜素磺酸鈉鹽，它能與碳酸鈣或磷酸鈣中的鈣鹽螯合形成橙紅色復合物。一般來說這些染料在識別中至大量的鈣時，效果優于輕微染色的微量鈣沉積。但茜素紅S往往對少量的沉積物可得到更可靠的結果。

尼氏染色，即Nissl染色法，是神經生物學家廣泛使用的一種對神經細胞的染色方法，用于石蠟或冰凍切片神經元細胞漿中的尼氏小體（Nissl body）染色，在該染色中，尼氏小體清晰可見，可區分軸突和樹突等。Nissl染色是以德國的精神病學家和神經病理學家Franz Nissl的名字命名的。

甲苯胺藍染色 甲苯胺藍（toluidine blue）是常用的人工合成染料的一種，屬于醌亞胺染料類，這類染料一般含有兩個發色團，一個是胺基，一個是醌型苯環，來構成色原顯色。染料除有發色團外，還要有能使色原對組織及其他被染物產生親和力的原子團即助色。

阿利新藍染色（AB-PAS） 正常粘膜上皮能分泌中性和酸性粘液物質，中性粘液物質含有氨基己糖和游離的己糖基，酸性粘液物質也含有氨基己糖并含有各種酸根。此方法先染阿利新藍將酸性粘液物質染為藍色，并阻斷酸性粘液物質中羧酸分子的乙二醇被高碘酸氧化生產二醛與雪夫試劑反應而著紅色。只有中性粘液物質的乙二醇基被高碘酸生成二醛后與雪夫試劑中的無色品紅作用生成紅紫色復合物。

PAS糖原染色 PAS染色法（Periodic Acid-Schiff stain）又稱過碘酸雪夫染色、糖原染色。在組織學上，主要用來檢測組織中的糖類，一般用來顯示糖元和其它多糖物質。過碘酸把糖類相鄰兩個碳上的羥基氧化成醛基，再用Schiff試劑和醛基反應使呈現紫紅色。

天狼猩紅（Picrosirius Red ）染色可用于區分Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ型膠原，由于天狼猩紅是一種強酸性陰離子染料，可與呈堿性的膠原反應，使膠原纖維在偏振光照射時，產生明顯的雙折光現象。不同的膠原纖維具有不同的旋光性，在偏振光顯微鏡下呈現相異的顏色，借以區分Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ型膠原，Ⅰ型纖維：緊密排列， 顯示很強的雙折光性